Далее в иерархии следуют Dzubei Kibagami("старший советник"), Nobunaga Imagava("глава штаб-квартиры"), Хитокири Баттосай("второй человек, заместитель"),Kidomaru Mitsurugi,Aketi Micuhide("помощник шефа"). Все они командуют некоторым количеством банд, и их влияние определяется количеством "подотчетных штыков". Если кумитё погибает, один из его подчиненных занимает его место.

Также кумитё подчиняются комон (советники), сингиин (консультанты), кумитё хисё (секретари) и кайкэй (бухгалтеры).

Непосредственно банды состоят из старших бригадиров сятэй ("младшие братья"), младших бригадиров вакасю ("юнцы") и простых якудза. В каждую из них входит примерно от 20 до 200 человек. Соответственно, в клан могут входить десятки тысяч якудза. Такой клан может контролировать несколько городов.

Существуют и независимые банды, не входящие в кланы. Однако создать такую банду исключительно трудно - вся территория уже поделена. Одинокий же якудза выжить не может вообще.

При приеме в клан совершается обряд сакадзуки - шеф и новый член клана пьют из одной чашечки сакэ. Так они становятся членами одной семьи.

Для узнавания друг друга и отличения от толпы якудза часто носят значки с "даймон" - эмблемой, гербом клана. Якудза-руководители имеют право носить золотые даймон.

Принципы якудза
В политическом смысле якудза обычно считают себя ультраправыми. Они выступают за традиционные семейные ценности, за возвращение политики милитаризма, за возрождение самурайских традиций.
Самое главное для якудза - личная честь, считающаяся производной от чести клана. Якудза не переносят, когда их оскорбляют или унижают. За экзотическими исключениями, якудза никогда не признают ошибок и не оправдываются. Опозоривший себя якудза может быть приговорен к отрубанию фаланги пальца, смерти, изгнан из шайки и так далее. Молодым якудза предписывается ничего не желать для себя и работать только на благо клана.

Взаимопомощь и поддержка друг друга также считается очень важной. Если якудза попадает в тюрьму, весь клан пытается помочь ему освободиться. Прикрыть "коллегу" считается большой доблестью.

Кланы якудза с большими традициями любят изображать из себя защитников обездоленных. Так Ямагути-гуми, один из самых больших кланов со штаб-квартирой в Кобе, оказал родному городу большую помощь после землетрясения.